Nach der rechtsgültigen Errichtung der Stiftung sorgt der Stiftungsrat für die Verwaltung und Verwendung des Stiftungsvermögens unter Beachtung des Stifterwillens entsprechend dem Stiftungszweck. Gemeinnützige Stiftungen stehen unter der Aufsicht der STIFA. Aufsichtspflichtige, revisionsstellenpflichtige Stiftungen haben während ihres Bestandes die entsprechenden Revisions- und Berichtspflichten zu befolgen. Es besteht die Möglichkeit zur Antragsstellung auf Befreiung von der Revisionsstellenpflicht. Auch privatrechtliche Stiftungen können 1. der allgemeinen Aufsicht unterstellt werden und 2. im Kontext des neuen Hinterlegungsmodells überprüft werden. Allfällige Gestaltungsrechte wie bspw. ein vorbehaltenes Widerrufs- oder Änderungsrecht können ausgeübt werden. Auch kann es während des Bestandes der Stiftung zur Notwendigkeit der Anordnung aufsichtsrechtlicher Massnahmen kommen. Die Sitzverlegung oder Auflösung und Liquidation einer Stiftung werden durch die Stiftungsorgane bewerkstelligt.
Revision gemeinnütziger Stiftungen
Jede aufsichtspflichtige gemeinnützige Stiftung hat gemäss Art. 552 § 27 PGR eine qualifizierte und unabhängige Revisionsstelle auf Antrag durch das Fürstliche Landgericht bestellen zu lassen, die als Organ der Stiftung verpflichtet ist, einmal jährlich zu überprüfen, ob das Stiftungsvermögen seinen Zwecken gemäss verwaltet und verwendet wird.
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Revision freiwillig unterstellter privatnütziger Stiftungen
Die Zuständigkeit der STIFA zur Überwachung der zweckkonformen Verwaltung und Verwendung der Stiftungsmittel erstreckt sich gemäss Stiftungsrecht primär auf die Überwachung gemeinnütziger Stiftungen, aber nicht ausschliesslich. Gemäss Art. 552 § 29 Abs. 1 PGR können sich auch privatnützige Stiftungen durch eine Bestimmung in der Stiftungsurkunde freiwillig der Aufsicht der STIFA unterstellen.
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Aufsichtsrechtliche Massnahmen
Gemäss Art. 552 § 29 Abs. 3 PGR kann die STIFA die aufgrund ihrer Aufsichtstätigkeit gebotenen Anordnungen, wie beispielsweise die Kontrolle und Abberufung der Stiftungsorgane, Durchführung von Sonderprüfungen oder Aufhebung von Beschlüssen der Stiftungsorgane, beim Fürstlichen Landgericht im Ausserstreitverfahren beantragen.
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Im Laufe des Daseins einer Stiftung kann es zu Umständen kommen, die die grundsätzliche Möglichkeit der Anpassung der Stiftungsdokumente oder überhaupt den Widerruf der Stiftung wünschenswert erscheinen lassen. 
Im Falle der Auflösung einer aufsichtspflichtigen gemeinnützigen Stiftung ist gegenüber der Stiftungsaufsichtsbehörde unter Angabe des Auflösungsgrundes Mitteilung über den erfolgten Auflösungsbeschluss zu machen. 
Gemäss Art. 552 § 21 PGR überprüft die STIFA bei den nicht eintragungspflichtigen privatnützigen Stiftungen die Richtigkeit der hinterlegten Gründungs- und Änderungsanzeigen. Zu diesem Zweck können von der Stiftung Auskünfte verlangt werden und kann die STIFA im Wege des Kontrollorgans (Art. 552 § 11 PGR) oder, wenn ein solches nicht eingerichtet ist, im Wege eines beauftragten Dritten in die Stiftungsdokumente Einsicht nehmen.